Stessa sfiga noi martedi all'ikea di Pisa. ...
Nonostante il cartello all'ingresso "Qui il tuo cane è benvenuto. .." ci hanno placcato subito con l'obbligo di fargli indossare la museruola... Abbiamo girato i tacchi all'istante! 
So che altri non hanno riscontrato problemi....ma noi...beh forse perché erano DUE cani "grossi" ...o l'addetto di turno stro. ..è capitato a noi...
Il tuo topic mi ha incuriosito perché all'Ikea di Bologna l'ho sempre portato anche quando ero con amici e il loro cane e zero problemi ... sono andata sul sito di Ikea delle due città per curiosità e ho trovato questo:
IKEA BOLOGNA
Porta con te il tuo cane.
Da noi è il benvenuto!
Per ragioni igienico sanitarie non può accedere all’area ristorazione.
IKEA PISA
Porta con te il tuo cane.
Da noi è il benvenuto se porta museruola e guinzaglio!
Per ragioni igienico sanitarie non può accedere all’area ristorazione.
Leggi l'ordinanza completa (c'è un link che però non si apre)
Mi viene da pensare che l'ordinanza comunale o regionale passi sopra al volere dell'esercizio commerciale. Perché se Ikea o qualche altra catena permette l'accesso non vedo perché debba essere diverso da negozio a negozio

IKEA FIRENZE
Ti ricordiamo che il proprietario o il detentore di un cane è sempre
responsabile del benessere, del controllo e della conduzione
dell’animale e risponde, sia civilmente che penalmente, dei danni a
persone, animali e cose provocati dall’animale stesso
(Ministero della salute, Ordinanza 6 Agosto 2013).
• Ti informiamo che la legge impone di utilizzare sempre il guinzaglio ad
una misura non superiore a Mt 1,5 e di avere con sé la museruola,
che deve essere applicata al cane in caso di rischio per l’incolumità
di persone o di animali o su richiesta dell’Autorità competente
Nel sito dell'Ikea di Firenze c'è proprio citata l'ordinanza, forse è la stessa linkata su quello di Pisa, che cmq non prevede l'obbligo di museruola ma di averla con se ...
A leggere così sembra che a Bologna il cane possa entrare senza guinzaglio visto che è benvenuto e basta

Certo che ce ne fanno di confusione ...