Sono due strumenti diversi, l'unica cosa che hanno in comune è che emettono un suono!
Il suono del fischietto serve a richiamare il cane quindi viene usato come stimolo per provocare un comportamento (fischio=il cane torna da me) mentre il suono del clicker viene usato per rinforzare il cane a seguito di un comportamento corretto (se prima viene effettuata un'associazione tra il suono del clicker e un premio tipo cibo), il click del clicker comunque deve essere sempre seguito da un bocconcino.
L'uso del clicker è un po' "tecnico", bisogna imparare a usarlo per ottenere risultati ma se si impara è anche bello, veloce e divertente.
Il suono del fischietto viene semplicemente sostituito al richiamo vocale per diverse ragioni: si usa in un particolare ambito (tipo il lavoro di riporto) o si usa quando si richiama il cane che è lontano o si usa perchè siccome usiamo il nome del cane spesso a vanvera è più chiaro per il cane capire cosa vogliamo da lui se quel suono è inequivocabilmente legato a una richiesta (mentre il nome lo si usa per tante richieste diverse).
Quindi puoi usare entrambi nel senso che puoi insegnare al cane a tornare al richiamo del fischietto utilizzando il clicker training come metodo di adestramento.
(Chissà se si è capito cosa ho scritto?!)