La differenza è la comodità d'uso, per lo più... ad esempio con alcuni spot on bisogna stare attenti a quando il cane fa il bagno. Prendo l'esempio di Advantix: in quel caso bisogna applicarlo dopo almeno due giorni dall'ultimo bagno e bisogna aspettare altrettanti giorni (se non addirittura qualcuno in più, per alcuni) per far bagnare di nuovo il cane. Questo problema non c'è con le pastiglie o con i collari...
La differenza vera di cui bisogna tener conto secondo me è la composizione, il principio attivo... dai un'occhiata più approfondita all'elenco: vedrai che alcuni prodotti sono contro zecche, pulci e zanzare, mentre altre sono solo contro zecche e pulci. Alcuni poi danno una protezione contro la filariosi, altri no. In linea di massima sarebbe meglio proteggere il cane da:
- zecche e pulci
- zanzare (Culex pipiens soprattutto, per la filariosi), pappataci/flebotomi (Phlebotomus papatasi, per la Leishmaniosi). Un tempo c'erano in Italia alcune zone principali di diffusione della Leishmaniosi (tipo nel meridione, la Sardegna), adesso invece si sta spostando anche nel nord, sempre in vicinanza di bacini idrici.
- altri parassiti, a seconda dell'area geografica in cui ci si trova.
Quindi, sempre per farti capire, ti faccio il mio esempio: abito a Milano, ma in estate vado sempre al mare (quasi sempre in Sicilia). Quindi ho bisogno di un prodotto che copra il mio cane da zecche e pulci (anche se in verità qui non se ne vedono), zanzare (la filariosi è ben presente in questa zona) e flebotomi (per quando vado al mare). Il prodotto perfetto potrebbe essere Advantix/frontline triact/exspot (spot on), oppure scalibor (collare) però bisogna aggiungere qualcosa per la filariosi (o si fa l'immunoprofilassi con una puntura annuale, oppure si prendono delle tavolette masticabili 1 volta al mese). Oppure potrei mettere Seresto (solo pulci e zecche) e aggiungere qualcosa contro i pappataci solo per quando vado al mare (tipo prodotti a base di Olio di Neem), anche se a quanto pare Seresto ha comunque un minimo di efficacia anche contro i pappataci; questa seconda opzione forse sarebbe la migliore in termini di ''tossicità'', per non sovraccaricare il mio cane.
Si tratta di ragionamenti un po' complessi, perchè si tratta di incastrare più cose tutte insieme. Comunque se hai dei dubbi su una possibile combinazione, chiedi pure... ma soprattutto, parlane bene con il veterinario! 
Anche perchè, come dicevo prima, è importante la localizzazione geografica... e il veterinario saprà darti sicuramente tante informazioni a riguardo.
Scusami, non vorrei aver capito male io, ma dici che per la filariosi bisogna proteggerli da culex pipiens, mentre per la Leishmaniosi bisogna proteggerli da Phlebotomus papatasi.
Aggiungi quindi che l'advantix è perfetto, ma bisogna aggiungere qualcosa per la filariosi.
Controllando la tabella però, ho visto che in realtà l'advantix indica una copertura di quattro settimane contro le culex pipiens, mentre una copertura di solo due settimane contro i Phlebotomus papatasi, quindi semmai è da aggiungere qualcosa che dia una protezione più completa e lunga di almeno quattro settimane (periodo in cui si applica lo spot-on) contro i pappataci/flebotomi colpevoli della trasmissione della leishmaniosi. Giusto?
Perché ci si ritrova con il cane "scoperto" per ben due settimane, e qui in Sicilia dove abito io, i rischi sono altissimi.
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